研究思路

来源：雪球老柏常常挂在嘴边的一句话，就是对一个公司的理解，定性远远超过定量。今天晚上我试着从这个话题和朋友们分享一下自己的思路和框架。算是抛砖引玉吧。定性，直白说法就是，如何识别这家公司的生意模式是好生意，何谓好生意？就是赚钱的生意，更是能持续赚钱的生意。讲到这个话题之前，也还不得不提定量的问题。定量的基础，不是简单的看公司的利润，营收，并以此来倒扣市盈率，简单去计算公司市值高低的估值方法。定量的前提是研究者，还是需要具备一定的财务知识和阅读财务报表的能力。能通过公司资产负债结构，去了解公司规模增长驱动的核心要素，能通过利润表结构识别公司重要的产品毛利，产品营业利润，三项费用构成等属于何种水平，能通过现金流量表构成，并辩证分析和利润造成的现金来源关系等。这个是基本功，建议深度研究公司的朋友，必须去学习和理解并运用，这方面没有什么捷径。从我个人的经验来看，在具备上述基础的知识后，对一家公司年度报告持续精读，至少不能少于三个报告期。并且在阅读过程中，一开始必须做好详细记录，不清楚的，不太懂的，先打个问号记录下来，逐步攻坚。这样聚沙成塔，后续才会有质变。在具备一定财务分析技能后，对一家公司的定性层面，就显得特别重要。定性和理解了公司的生意模式后，再和财务数据相互印证，并和同行业竞争公司比较验证，这样的验证思路更为系统，而不会只钻在一个报表细节问题上面出不来。在公司定性层面，研究逻辑框架的建立至关重要。通过正确的框架建立是深度研究公司的核心要义。框架层面老柏之前的文章多次提及，今天再给朋友们梳理一遍。一这门生意模式的本质是什么？公司通过这个生意是否容易挣钱？公司的目标客群是什么人群？这些客群有没有扩展空间？公司的产品对这些客群吸附能力如何？客户购买这些产品或者服务，是先款后货还是其他的？以上这些问题作为投资者必须要了解透彻，有些公司主营类型核心单一，有些公司会多元化经营，我们研究的时候需要仔细梳理。通常业务分散越多且无核心聚集效应的，都要减分。（相反平安这类交叉经营反而是加分）二公司所处行业的空间格局大不大？这里面涉及的几个要点，第一需要梳理公司所处行业规模在整体经济中的占比，行业发展的驱动核心在于哪方面？成长空间的验证是否具备可靠性？这里面以保险研究为框架，更多的会从消费能力提升，老龄化推动，再从人口去分析深度和密度等等。从空调行业大家会去研究判断，房地产竣工交付率，住房升级需求等等。并且在此基础上，再去全球范围内寻找可比样本等。这里老柏啰嗦一句，全世界最有增长潜力和消费升级动能的是我们国家，大家大可不必太多束缚于其他发达国家的历史经验，因为国情不同，发展速度不同。这一点我们可以多点自信，有借鉴，但不盲从。三在通过了解了公司所处的行业发展潜力和格局后，再者主要是梳理公司的经营走势和所处的企业发展阶段。这里必须透过之前的财务数据去研判公司成立至今的发展路径。这一点，任何公司通常都不是一路顺风顺水过来的。重点研究的是公司最近几年的营业收入变化，毛利率变化，营业利润变化，另外对公司净资产收益率的拆解必须要做，通过分拆进一步看懂公司成长的是那一类模式，在这点的研判上还要注重对资产负债的结构，公司的经营模式是轻资产，还是重资产，总资产里面给公司roe拖后腿的是那一部分。以上的梳理在和行业内其他竞争对手做横向对比，探寻公司的经营模式优劣以及在行业中的地位，并支撑该等地位的核心壁垒在哪里？例如，经营管理优势，产品不可替代，营销终端把控，直白就是探寻支撑公司未来持续发展的因素是否足够。四在我看来当然是，不依赖重复且较大的资本投入，且每年都能产生真实自由现金流的生意，毫无疑问是好生意。特别是投资者都知道的一些公司，比如茅台，腾讯等等，但这类公司往往价格并不便宜。很多朋友都以估值高，而选择观望。但往往这类公司始终不太给太多机会，直到越长越高。在老柏看来，还是在于没有深刻通过研究，去识别到这门生意到底是怎么好法？假如是通过老柏的思路逻辑，朋友们能深度研究并验证，并做到心里有数，至少可以帮助绝大多数朋友，识别该公司可能会面临的风险。我在之前的文章提到过，一家公司恒态估值并不是在于绝对数大小，而在于该公司的生意模式地位以及独特性，综合形成的护城河，假如我们投资者能通过研究，在了解该公司生态地位极限变化可能性较小的情况，大概率这家公司的估值还会一直恒定。当然若是生态有变化，但投资者在深度研究，且长期跟踪的情况下，肯定就可以提前做出判断。举个例，不太准的说明下。假如腾讯的微信月活持续下降，可能就是生态发生变化。（举个例的意思是要让大家抓核心矛盾）今天不小心写的太长，感觉意犹未尽，很多都没写完写细。后续再和大家分享。总之就是，不要做一个投资中的混沌者，这样对长期投资的持续性和稳定性会降低。老柏希望朋友们，多深入学习和阅读研究，并在投资之路更为精进。祝朋友们发财！作者：老柏树也有春天链接：https://xueqiu.com/9148433633/142704472来源：雪球著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。

仪式是人类社会中一种特殊的文化现象。它既是文化符号表征的载体，也是文化传播的行为，沟通并维系着社会群体活动。从仪式视角研究传播活动，有助于拓宽传播学的研究思路。　从仪式视角考察传播活动仪式是人类的创造，也是人类的特征和人性的外化。浙江大学传媒与国际文化学院教授邵培仁谈到，在我国民俗传播和节日庆典中，仪式借助各种符号表征，重建了文化的“想象共同体”，使中华优秀传统文化在传承和发展中融入了现代元素，焕发出新的生机与活力。云南大学民族学与社会学学院教授郭建斌提出，传播活动是文化的另一种表达方式，从仪式的视角来考察传播活动，能够拓宽我们对于传播的理解视野，也更有可能让研究真正“落地”。　仪式化生存已成常态仪式传播更贴切的表达是“仪式交流、交往、沟通”。据深圳大学传媒与文化发展研究中心教授吴予敏介绍， 仪式的基础是仪式体系所规定的符号意义关系，场景是仪式存在的时空条件，通过场景交感创造观念、权力和价值认同是仪式的主要功能。随着社交媒体的普及，仪式化生存已然成为现代人的一种生活常态。邵培仁表示，当前，不仅全球的和本土的代表性文化仪式得以承继，新的文化仪式也在不断地被创造出来，并在传播中逐步充实、日益完善，形成媒介景观。这一过程既丰富了节日文化，推动了商品消费，也强化了人们的身份认同和文化认同。因此，当代仪式传播既是一种神圣的立约和宣誓过程，也是一种公开的娱乐和消费过程。当各种有意义的仪式符号一次次地被传承、创造、理解以及充分地使用、分享和传播，社会系统的生产、传输、营销、维系和消费进入良性循环，于是传播系统与社会系统构成了一种互动互助、共进共享的潜隐性文化生态。两大理论视域值得关注尽管仪式传播的概念很早就已经在我国出现，但具有独创性的经验研究成果却不多见。在吴予敏看来，这其中的原因在于传播学过度偏向效果和功能的分析；同时，在仪式传播的研究过程中，还缺乏稳定规范的方法论指导。目前我国仪式传播研究大致有三个取向，分别是关于仪式传播思想史的评述、以中国当代大众传播为主的研究、从当代文化研究跨越到传播研究。仪式传播研究中有两大理论视域值得关注。南京大学新闻传播学院教授胡翼青介绍，一是大型媒介事件以及讨论这些事件与国家认同、社会认同之间的关系；二是在非物质文化遗产中的仪式，以及仪式如何在参与者之间形成意义与情感的共享。这也恰恰体现了当下仪式传播研究中的两种路径。大型媒介事件，通过仪式神圣庄严场景的建构，实现凝心聚力、传达意义的功能，更接近于功能主义人类学方法。而民间的各种文化习俗通过参与者的“沉浸”，有效地实现情感、意义及文化的共在、共有和共享，从而形成文化认同，这更符合阐释主义人类学。这两类研究都超越了传统传播学效果研究的思维定式，在一定意义上为传播学研究增添了一种新的视角。　整合更多理论资源近年来，在仪式传播研究领域仍然存在着对“媒介事件”“仪式”“仪式观”等概念的误读、误用。在郭建斌看来，仪式传播的重点不在于对效果的，而是对某个或某些特定传播现象的意义的阐释。未来要在进一步厘清仪式传播概念基本内涵的基础上，整合更多、更为有效的理论资源，丰富仪式传播的“问题空间”。同时，借鉴人类学等学科的“田野调查”方法对传播现象进行较为深入的分析，并对这些现象的社会文化意义进行讨论，这也是一种仪式传播的研究思路。仪式传播对于中华文明的自我定义、中华民族价值认同、个体身份认同等具有重要意义。吴予敏建议，学者在研究中需要开阔文化视野，注重经验研究与文献研究并举。经验研究主要是对当代富于创意的仪式传播形态展开研究；文献研究是对我国仪式传播传统进行总结后，提炼出的具有中国特点的仪式传播方法论。来源：中国社会科学网-中国社会科学报 作者：段丹洁欢迎关注中国社会科学网微信公众号 cssn_cn，获取更多学术资讯。

河南商报记者 杜世民 通讯员 陈晶晶 张萌 张嘉兰5月25日上午，惠济区东风路小学举行“2019年郑州市教育科学研究课题开题报告研讨会”由教导处副主任贾盈盈主持。参与本次开题报告研讨会的共有8项课题。教导处副主任贾盈盈说明了课题研究开题报告的基本项目，让各课题主持人意识到课题研究的严谨性和科学性。她强调在课题研究过程中，课题组成员要精诚合作、勇于创新，注重理论与实践的结合，更好地提升课题研究的实效性。各课题主持人结合PPT，分别从课题研究背景、概念界定、研究目标和内容、研究方法等方面进行了详细阐述，并提出了课题开题阶段遇到的困惑。每位主持人汇报后，大家会对此项课题实施的科学性和可行性进行评议，对研究中可能存在的问题提出自己的设想。通过此次开题报告研讨会，课题组成员进一步明晰了课题研究的思路和步骤，增强了做好教科研课题的信心。

在高通量测序的大力推动和快速发展下，微生物组学研究进入到了多组学的时代。为更好满足科研人员多组学联合分析需求，美格基因基于科研需求及以往项目经验，全新推出微生物组+代谢组联合分析解决方案，克服单一组学研究局限性，多角度解释科学问题！今天为大家分享一篇发表在mSystems上的研究，研究对定殖耐万古霉素屎肠球菌的微生物群与微生物组-代谢物相关联进行了探究，是一篇微生物组+代谢组多组学运用的佳作！Microbe-Metabolite Associations Linked to the Rebounding Murine Gut Microbiome Postcolonization with Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium定殖耐万古霉素屎肠球菌的微生物群与微生物组-代谢物相关联作者：Andre Mu 等期刊：mSystems时间：2020IF：6.519DOI：10.1128/mSystems.00452-20方法：16S+代谢组一、文章摘要具备万古霉素抗性的屎肠球菌（Enterococcus faecium，VREfm）是近年来出现的一种病原菌，人们开始研究VREfm定殖人类肠道的分子机制，但对该过程中肠道共生细菌的作用仍然不甚理解。在此，作者通过16S扩增子和代谢组研究小鼠肠道微生物对VREfm定殖的作用。经头孢曲松和VREfm处理，小鼠肠道微生物的转变发生在拟杆菌门和柔膜菌门间。研究细菌和代谢物共现性时找到了VREfm定殖初期及后期的与丁酸相关的典型代谢物，这些与拟杆菌有关的代谢物能指示微生物群落向原始状态过渡的状态。本研究说明了抗生素对肠道生态系统的影响，以及定殖VREfm后肠道微生物组的转变。未来或可优先选择用拟杆菌来改调节代谢组，已作为消除VREfm的非抗生素疗法。二、实验设计实验样品来自六周龄雄性小鼠（naive phase）。将头孢曲松添加到饮水中喂养小鼠2d（antibiotic treatment），停用1d后（antibiotic weaning）将屎肠球菌ST796移植到小鼠中（early VRE colonization and late VREfm colonization phases）。提取小鼠粪便DNA进行16S rRNA测序，同时进行粪便代谢物的液相色谱分析，构建微生物与代谢组之间的网络关系。三、实验结果1.扩增子测序结果表明微生物结构发生了变化表1 样品总结N：原始样品；Abx-Tx：抗生素处理期；Abx-Wn：抗生素适应期；VRE-E：VREfm定殖早期；VRE-L：VREfm定殖后期经不同处理，各样品的OTU丰度有所差异（图1）。经过头孢曲松喂养，小鼠肠道的优势物种从拟杆菌纲变成了柔膜菌纲，而在VREfm定殖后期又恢复成了拟杆菌纲。图1 纲水平上OTU的生物多样性2. 小鼠肠道微生物响应抗生素，在VRE定殖3d后丰度上升从PCoA图可以看到，不同处理的样本明显分开了，而头孢曲松处理和VREfm定殖后期的样本有聚类到一起的趋势（图2）。在群落组成方面，对照组中微生物的群落结构稳定，多样性高。经头孢曲松处理后群落多样性和稳定性急剧下降，而VREfm的定殖又进一步增强了这种效果，3d后微生物群落丰度开始恢复。这些结果说明小鼠肠道是个稳定的微生物保存库，被干扰后群落丰度也能够恢复到最初的状态。图2 多样性分析3.多重回归寻找与VREfm定殖相关的sOTUs利用多重回归寻找与VREfm定殖最相关的OTU，5个正相关的OTU分别来自肠球菌属（Enterococcus）、拟杆菌属（Bacteroides）、丹毒丝菌科（Erysipelotrichaceae）、过氧化氢酶杆属（Catabacter）、毛螺菌科（Lachnospiraceae），而负相关的是梭菌目（Clostridiales）、安德克氏菌属（Adlercreutzia）、柔膜菌纲（Mollicutes）、消化链球菌科（Peptostreptococcaceae）和梭菌目（Clostridiales）。VREfm定殖的第一天，肠球菌属丰度最高，说明肠球菌也许能阻碍VREfm定殖（图3）。图3 多重回归检测到一种肠球菌与VREfm定殖相关性最强4.分子网络鉴定代谢组的差别用MS-LC检测不同时间段小鼠肠道代谢物的变化（表1）。PCoA分析结果显示各样品间代谢组不同（图4）。在实验初始阶段和VREfm定殖后期的代谢组聚类到了一起，抗生素处理后和VREfm定殖前期的聚类到了一起。这说明两个时期的样本情况更相似。使用自由森林分析预测代谢物与实验组之间的相关性。结果表明每个实验阶段都有独特的代谢特征。重要的是，VREfm定殖后期样本中找到一种含有n -乙酰化羟基的未知代谢物（feature 6325），该物质仅在群落向初始状态转变时出现。另外，在用抗生素处理期间头孢曲松（feature 3901）的丰度最高。图4代谢组学分析5.拟杆菌相关代谢物与VREfm定殖后期相关不同实验阶段微生物和代谢物的丰度差别都较大，尤其是VREfm定殖后期。分析微生物-代谢物互作时发现，VREfm定殖后期肠球菌起到非常重要的作用，恢复的细菌中拟杆菌的OTU占了绝对丰度，该阶段检测到的2个代谢物为m/z 173.067 RT 18.392和m/z 167.083 RT 25.277。而m/z 245.055 RT 7.945与VREfm定殖后期高度相关。整体数据说明是肠道微生物引起了代谢物的改变。图5 微生物-代谢物双标矢量图四、小结屎肠球菌（VREfm）有潜在的对抗多种抗生素的能力，它们对人类健康的威胁日渐增强。有研究表明肠道微生物能够调整VREfm生长，抑制VREfm的毒力。本研究探索了抗生素处理和VREfm定殖条件下肠道微生物和代谢物的变化情况，找到了与VREfm相关的微生物和代谢物分别为肠球菌和feature 6325。这为进一步的研究提供了参考，未来，也许可以通过利用肠道微生物产生的益生元来治疗多抗生素抗性病原菌的感染。五、点 评16S rRNA测序虽然可以方便地研究肠道微生物群的组成，但由于目前对于细菌基因库认知的不完全性，限制了对有关代谢物影响的理解。为了更好的理解小鼠肠道微生物对VREfm定殖的作用，作者有效地结合微生物组和代谢组进行多组学联合分析，构建了微生物与代谢组之间的网络关系，并找到了VREfm定殖初期及后期与丁酸相关的典型代谢物，填补了肠道微生物功能研究数据上的空白。您可能还喜欢：研究思路｜三代宏基因组应用案例解读（第3期）产品升级｜美格基因重磅推出微生物组+代谢组联合分析解决方案美格基因2020年上半年项目文章大盘点！

在高通量测序的大力推动和快速发展下，微生物组学研究进入到了多组学的时代。为更好满足科研人员多组学联合分析需求，美格基因基于科研需求及以往项目经验，全新推出微生物组+代谢组联合分析解决方案，克服单一组学研究局限性，多角度解释科学问题！本期分享几篇微生物组+代谢组多组学应用案例，为大家提供微生物组+代谢组多组学研究思路。肠道微生物菌群与人类免疫细胞动力学有关原名：The gut microbiota is associated with immune cell dynamics in humans译名：肠道微生物菌群与人类免疫细胞动力学有关期刊：NatureIF：42.778发表时间：2020.11.25DOI号：10.1038/s41586-020-2971-8研究方法：16S+宏基因组+代谢组该研究首次证明肠道微生物群直接塑造了人类免疫系统的构成，通过探究肠道微生物菌群与人体外周免疫细胞计数日常变化之间的关系，有效的将人体肠道微生物菌群与免疫系统的动态联系起来。尽管缺乏淋巴细胞和其他免疫细胞亚型等详情，但该研究直接在患者机体进行研究，添补了目前在微生物群研究的重要空白：基于动物模型的微生物群-免疫相互作用研究与临床数据之间的相关性。该研究结果表明，微生物菌群会影响人体的系统免疫，其研究结果为微生物菌群靶向干预措施以改进免疫治疗和免疫介导性和炎症性疾病的治疗打开了大门。地中海饮食对超重和肥胖受试者的干预可降低血浆胆固醇并导致与能量摄入无关的肠道微生物组和代谢组改变原名：Mediterranean diet intervention in overweight and obese subjects lowers plasma cholesterol and causes changes in the gut microbiome and metabolome independently of energy intake译名：地中海饮食对超重和肥胖受试者的干预可降低血浆胆固醇并导致与能量摄入无关的肠道微生物组和代谢组改变期刊：Gut影响因子：17.943发表时间：2020.2DOI：10.1136/gutjnl-2019-319654研究方法：宏基因组+代谢组本研究旨在通过地中海饮食（MD）对超重和肥胖人群的干预试验探究MD对代谢健康、肠道微生物组和系统性代谢组的影响。在研究期间，摄入与日常能量一致的MD后监测受试者饮食的依从性，代谢参数，肠道微生物组和全身代谢组，结果发现受试者血液胆固醇和血浆及尿液中肉碱水平的降低与MD的依从性成正比；同时MD导致了微生物组和代谢组的多种变化，如增加了降解膳食纤维的普氏粪杆菌等。这一结论有助于制定改善代谢健康的饮食策略。炎性肠病（IBD）微生物代谢组学：优劣与未知原名：IBD Microbial Metabolome: The Good, Bad, and Unknown译名：炎性肠病（IBD）微生物代谢组学：优劣与未知期刊：Trends in Endocrinology and metabolismIF：9.777发表时间：2020.05DOI：10.1016/j.tem.2020.05.001研究方法：16S+宏基因组+代谢组在胃肠道内，微生物衍生的代谢物是宿主与微生物相互作用的关键组分，并已被证明对诸如II型糖尿病（T2DM）和炎症性肠病（IBD）等代谢疾病有重要影响。越来越多的研究表明肠道菌代谢物是导致宿主发病的重要原因，有望通过调整肠道微生物群及代谢物来治疗IBD，本研究从转录组学与菌群功能、菌群代谢物与宿主、菌群代谢物与临床应用三个角度客观地论述了通过调整肠道微生物群及代谢物来治疗IBD方法的优劣，并提醒人们在临床治疗上应该慎重。16S rRNA测序虽然可以方便地研究微生物群的组成，但由于目前对于菌群基因库认知的不完全性，限制了对有关代谢物影响的理解。宏基因组测序为现有的基因提供了更深入的了解，但这些基因中的大多数功能仍然未知。为了进一步了解相关微生物菌群的功能潜力，可以进行微生物组+代谢组多组学联合分析，在了解微生物多样性的同时，探寻微生物对机体生化和功能的影响。上述几篇研究结合微生物组和代谢组多组学联合方法，构建了微生物与代谢组之间的网络关系，克服了单一组学研究的局限性，多角度理解微生物与代谢关系之间的联系，填补了微生物与代谢关系研究数据上的空白。您可能还喜欢：不同土壤深度之间微生物格局有何不同？最新！2020年美格基因项目文章年终大盘点

随着新一代高通量测序技术的发展，三代宏基因组测序运用越来越广泛。美格基因现已推出“三+二”测序服务，三代测序可有效减少部分拼接错误，提高基因组组装准确性和微生物群落鉴定的分辨率。以下为大家分享几篇三代宏基因组应用在肠道样本中的文献。案例1作者：Denis Bertrand 等期刊：Nature Biotechnology时间：2019.07影响因子：31.864来自新加坡基因组所的Niranjan Nagarajan课题组发布了一款三代+二代测序混合组装软件OPERA-MS，组装结果不仅碱基准确率高，而且短读长数据拼接长度提升了一个数量级。OPERA-MS整合了宏基因组聚类和精确支架算法，基于虚拟肠道微生物组和人工群落数据测序，研究者仅用9×长读长覆盖深度组装出了接近目前最完整的宏基因组，也组装出低丰度（＜1%）物种的高质量基因组。值得一提的是，OPERA-MS还可在亚种水平上获得基因组结果。将Nanopore测序应用于抗生素治疗病人的肠道宏基因组研究，发现长读长组装质量较短读长提升了200倍。案例2作者：Derek M. Bickhart 等期刊：Genome Biology时间：2019.08影响因子：14.028该文章利用三代测序技术结合 Hi-C 技术手段，完成牛瘤胃微生物的高质量组装，实现病毒-宿主-抗性基因（ARGs）的关联分析，直接检测微生物组样本中潜在的基因水平转移（LGT）。将 Hi-C 技术应用到微生物领域，到现在越来越多的研究中采用这种新的微生物组研究方法，获取全面写实的微生物组信息。从单菌基因组组装，到环境样本中微生物的互作，基因交流研究——Hi-C 技术应用于宏组学研究突破了传统宏组学技术达不到的研究界限。案例3作者：Robert D. Stewart 等期刊：Nature Biotechnology时间：2019.08影响因子：31.864反刍动物瘤胃微生物的基因组编码了数千种酶，这些酶可消化反刍动物饮食中占主导地位的植物物质。文章对来自283头反刍动物瘤胃测得 6.5T 二代测序数据，组装了4941个瘤胃微生物宏基因组(MAGs)，提出了一种组装流程，使细菌和古菌基因组的组装至少完成了80%，从三代数据（Nanopore，11.4G）获得了三个瘤胃细菌的单拷贝全基因组，其中两个是以前未知的瘤胃物种，预测并注释了大量瘤胃蛋白，文中瘤胃 MAGs 组将瘤胃宏基因组测序的测序率从15%提高到50-70%，这些基因组和蛋白资源将有助于更好地了解瘤胃微生物群的结构和功能。案例4作者：Themoula Charalampous 等期刊：Nature Biotechnology时间：2019.07影响因子：31.864本文作者基于Nanopore高通量测序技术搭建的LRIs快速检测流程，通过优化去除宿主DNA、DNA提取和建库流程等步骤，区别常规培养检测的2-3天，把整个流程时间缩短到6h，这对临床快检意义重大，不仅可以快速检测病原菌而且可以指导抗生素的准确使用。整个方法在41例样本的最终检测中达到了96.6%的敏感性和100%的特异性，期待在未来得到更加广泛的临床运用。点 评从宏基因组到单菌基因组，在我们关注菌株功能的时候，高质量的连续的基因组尤为关键。在上述的不同研究中，用三代测序技术的长读长优势显著提升了宏基因组/单菌基因组组装的效果，尤其是从宏基因组中得到的MAGs，使后续的分析结果更加可靠。美格基因现已引入Nanopore平台助力宏基因组三代测序，新增“三+二”宏基因组测序策略，读长更长、组装更佳，更全面获取微生物物种的全基因组序列！您可能还喜欢：研究思路｜三代宏基因组应用案例解读（第二期）产品升级｜美格基因重磅推出微生物组+代谢组联合分析解决方案

高通量测序技术的飞速发展，使得基因数据量直线飙升，随之而来的就是对基因功能研究的新挑战。做完测序我们得到感兴趣的基因或ncRNA，并对它们的功能、作用机制做生信方面的分析后，如果我们要深入研究下去，就需要依靠分子实验手段做筛选到的感兴趣基因或ncRNA的功能及作用机制方面的研究。基因或ncRNA研究组成模块本质上是差不多的，都是由生物学问题、分子（基因或ncRNA）、功能和机制、通路组成，而每个层面又有针对于不同情况的具体的实验技术，而文章的千变万化就在于这些模块之间、这些技术之间的不同组合。01表达量检测、定位、全长鉴定：缩小范围，找到重点 对于很多研究，第一步一般都会去验证从测序结果中筛选到的基因或ncRNA，主要验证要研究的基因或ncRNA的表达量（RT-qPCR、northern、WB）、表达在组织或亚细胞间的特异性（RT-qPCR、northern、FISH、GFP融合蛋白、核质分离）、序列的准确性及是否有新的可变剪切（5’/3’RACE）等。这一步可以缩小研究的范围，有时候也会发现新的兴趣点，比如这篇Journal of Experimental Botany的文章中，作者发现了slctr4基因的一个新的可变剪切命名为slctr4vs3，并且在slctr4的3个可变剪切中只有slctr4sv3与sly-mir-1917呈负相关（负相关是miRNA调控靶基因最常见的方式，说明这个miRNA很可能调控这个基因），在后期的Y2H实验和BiFC实验中发现slctr4sv3与SlEIN2互作，这样就打通了miRNA-1917-slctr4-SlEIN2这样一条通路。02基因功能研究 做完这部分基础的验证后，就需要验证基因或ncRNA的功能，功能的验证主要分两类：获得性研究和缺失性研究，获得性研究即通过VIGS或遗传转化/转基因让目的基因过表达，缺失性研究即用RNAi、CRISPR/Cas9等技术让目的基因沉默或突变为无功能基因。通过这部分研究可以验证目的基因的功能。比如这篇发表在Developmental Cell的章中对lncRNA COLDWRAP的RNAi敲除品系表现出减少的春化反应，将COLDWRAP转入COLDWRAP突变体后，COLDWRAP表达恢复了春化反应。03作用机制研究：文章容易出彩的地方目的基因或ncRNA研究完，进一步就需要探讨目的基因是如何发挥作用的，比如上述lncRNA COLDWRAP，是通过什么方式对春化作用产生影响的呢？这就需要研究COLDWRAP的作用机制，很多高分文章都是这部分的研究非常精彩！比如，下面这篇发表在Plant Cell上的文章，作用机制部分研究就比较精彩。作者先在体外，用酵母双杂交鉴定FRI蛋白互作的蛋白，发现FRI的N端区域与其与LRB1和LRB2的相互作用是重要的，FRI的C端区域和CUL3A的N端区域是它们相互作用所必需的。之后用GST pull-down验证酵母双杂交结果。之后在体内，用BiFC在体内验证定位、酵母双杂交、GST pull-down结果，用co-IP分析瞬时表达FRI和CUL3A再次验证相互作用。最后通过体外降解试验发现FRI通过泛素-26蛋白酶体途径降解，表明CUL3A和LRB1 / 2是FRI降解所必需的，FRI降解是CUL3A，LRB1 / 2和蛋白酶体依赖性过程介导。最终得出蛋白酶体介导的FRI降解调节拟南芥春化过程中开花的结论。04 把生物学故事串起来好的研究最终能依靠转录因子、信号通路等把研究结果串起来，系统地解释一个生物学问题。比如上面谈到的Plant Cell的文章，作者发现转录因子WRKY34的转录迅速被冷应激诱导，之后构建pCUL3A-LUC载体和W-box区域突变pCUL3A-LUC载体，与WRKY34共注射入烟草和拟南芥叶原生质体，来验证WRKY34以预测的W-box与CUL3A启动子结合以增加其CUL3A转录，而CUL3A又介导FRI降解调节拟南芥春化过程中的开花，从而把生物学故事由冷诱导—WRKY34转录—CUL3A转录—FRI降解—拟南芥春化过程中的开花这样一条线串起来。参考文献Wang Y, Zou W, Xiao Y, et al. MicroRNA1917 targets CTR4 splice variants to regulate ethylene responses in tomato.[J]. Journal of Experimental Botany, 2018.Kim D H, Sung S. Vernalization-Triggered Intragenic Chromatin Loop Formation by Long Noncoding RNAs[J]. Developmental Cell, 2017, 40(3).Hu X, Kong X, Wang C, et al. Proteasome-mediated degradation of FRIGIDA molates flowering time in Arabidopsis ring vernalization[J]. Plant Cell, 2014, 26(12):4763-81.

今天为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1题目：饮食和运动在肠道微生物-宿主共代谢中的作用研究期刊：mSystemsIF：6.633发表时间：2020.12DOI号：10.1128/mSystems.00677-20研究方法：16S+宏基因组+靶标代谢组本文为了研究饮食和体育锻炼对新陈代谢和肠道微生物群的单独和联合影响，收集运动员和不经常运动的人的粪便和尿液样本，比较两组样本之间代谢表型和肠道微生物的差异。结果发现，两组样本间表现出独特的代谢表型和微生物多样性差异。微生物多样性与高度坚持健康饮食习惯和身体锻炼相呼应，并与一系列不同的微生物衍生代谢物相关。案例2题目：代谢和代谢紊乱与微生物群：与肥胖、脂质代谢和代谢健康相关的肠道微生物群：病理生理学和治疗策略期刊：GastroenterologyIF：17.373发表时间：2020.11.27DOI号：10.1053/j.gastro.2020.10.057研究方法：16S+宏基因组+代谢组本文通过对肠道微生物群与代谢性疾病、脂质代谢的关系等方面进行综述，对于促进理解代谢组学和微生物组学的关联性研究、了解当下的研究背景和热点有很高的参考价值。目前在流行病学研究和对无菌小鼠粪便移植影响的研究中发现肠道微生物群的变化与肥胖和2型糖尿病有关，本综述结合小鼠模型的相关研究，讨论将其用于人体健康代谢改善的方法。案例3题目：妊娠糖尿病中肠道细菌和代谢特征的改变及其相互作用期刊：Gut MicrobesIF：7.740发表时间：2020.11DOI号：10.1080/19490976.2020.1840765研究方法：16S+宏基因组+代谢组经证实，宏基因组学与代谢组学联合分析是揭示肠道微生物组成和各种疾病功能的有效方法。本研究通过分析肠道微生物和代谢产物之间的相关性，探究了妊娠糖尿病中肠道细菌和代谢特征的改变及其相互作用。研究发现妊娠糖尿病患者的微生物和代谢特征与健康孕妇显著不同，其中Lachnospiraceae和Enterobacteriaceae的OTUs与参与宿主糖类代谢的几种代谢物形成强烈的共现关系，表明微生物成分和代谢功能的改变可能与妊娠糖尿病的发病机制和病理生理有关。点 评16S rRNA测序虽然可以方便地研究微生物群的组成，但由于目前对于菌群基因库认知的不完全性，限制了对有关代谢物影响的理解。宏基因组测序为现有的基因提供了更深入的了解，但这些基因中的大多数功能仍然未知。为了进一步了解相关微生物菌群的功能潜力，可以进行微生物组+代谢组多组学联合分析，在了解微生物多样性的同时，探寻微生物对机体生化和功能的影响。上述几篇研究结合微生物组和代谢组多组学联合方法，构建了微生物与代谢组之间的网络关系，克服了单一组学研究的局限性，多角度理解微生物与代谢关系之间的联系，填补了微生物与代谢关系研究数据上的空白。您可能还喜欢：GeoChip助力中科院在地学类一级期刊发佳作！研究思路｜微生物组+代谢组多组学应用案例解读（第一期）研究思路｜三代宏基因组应用案例解读（第3期）

「干货」栏目的开启是为了给大家带来知识、工具、服务三者融合，培养数据分析能力、训练营销思维打造的干货分享。希望把知识以及经验传递到到每个受众，帮助大家更好的提升自己的企业竞争力。干货 | 关键词研究心法和思路17:21来自领聚数字营销专家许久未见 甚是想念张老师的课堂又跟大家见面啦！我们将继续带大家学习关于「关键词研究的心法和思路」第四讲人们对关键词的误解？1.关键词是开脑洞想出来的。我们的脑洞再大想出来的关键词也局限于自己的主观，而我们要找的是客户会使用什么关键词，它是客观的。所以关键词不是拿板砖拍脑袋拍出来的，是用大数据工具找出来的。后面我们就会详细给大家介绍哪些工具会帮助我们获取客户使用的关键词。2.关键词研究就是为了获取流量。这个说法经常和另外一个惊心动魄的外行用语一起出现---"烧广告"。这是典型的平台思维，错误的认为营销就是花钱买流量。营销不是买流量，而是买转化，我们每花一块钱都要和最终的转化挂钩，我们不是让所有人都来光顾，我们要的是最可能转化为顾客的访客。后面我会给大家讲如何筛选关键词。下面根据此前我们对人类搜索行为和搜索引擎程序运作方式的了解，我们明确一下关键词的正确定义。关键词的定义：是你的目标客户，用来表达其需求的，一种表达方式。定义的三个关键点1. 对营销人员来说，关键词出自你的目标客户，它是基于你的目标客户此时此刻对于他的问题和需求理解，所以，它是客观存在的不是我们主观想象的。2.关键词的本质是一个提问，你的客户把他此刻的需求用一个词表达出来了，这个表达实际上是提了一个问题。例如，客户搜索"家具测试设备"，他不是不知道这个设备是什么，这个词背后是他一系列的疑问，包括，设备供应商都有哪些？设备功能性能有何差异？价格多少钱？使用维护成本需要多少钱？耗材或零配件是否容易购买？等。3.关键词是一种表达方式，有千人千面的特点，例如关键词"某设备价格"，张三用，他心里想的可能是这个设备多少钱，而同一个词，李四用，他心里想的可能是围绕这个设备从采购到投产的整体成本。反过来，对同一个疑问，不同的人会用不同的表达方式。这就要对关键词进行意图分析和分类管理了。从获取、筛选、到使用和优化关键词管理要抓住以下要点：一、关键词的获取用大数据工具搜寻。而不是拍脑袋胡猜，我们用来获取关键词的主要工具有Google Ads中的关键词规划师，Google Webmaster，Google Trends，以及谷歌搜索建议功能，后面两堂课我给大家讲工具的使用。要深入分析客户问题。大多数准备开展海外营销的外贸企业都有数年的出口经验，接触过大量的目标客户，也积累了丰富的客户通讯，这些通讯可是企业的重要资产，无论是否成交，无论客户对我们是褒奖或是责问，无论售前售中售后，这些通讯都在告诉我们客户到底遇到了哪些问题，在他的世界里这些问题给他带来了什么麻烦，他们希望供应商如何提供帮助等。这些内容可以帮助我们获取关键词的线索，同时帮我们理解关键词背后客户的疑问。只是大多数时候我们没有去挖掘它。要进入客户的语境氛围。每个行业都有圈子，每个圈子都有自己独特的行话，中国出口企业在语言方面的短板不是外语本身，而是缺乏对客户语境和行话的体验。开始做关键词研究时，营销人员应该深入阅读一下目标市场上同行和客户的网站，学习他们介绍相关业务时用的官话；进入行业相关的论坛社群，了解同行或客户私下讨论时用的行话；当然如果能在社交媒体上交几个同行或客户朋友就更好了。二、关键词的筛选筛选关键词的标准是搜索意图，而不是搜索量。我经常听到这样抱怨，"我们的关键词搜索量都好低呀，一个月才几十次，我要找到搜索量过万的词"。我举个例子，如果你开一家制鞋厂，"鞋厂"和"鞋"这两个关键词哪个搜索量大？后者是前者的数万倍。那哪个关键词有可能给你带来生意呢？显然是前者。对于大多数中国出口企业，无论你做B2B还是B2C，成功之道都是开始时要进入一个细分市场，这些市场的需求表现在关键词上，都不会是大搜索量的头部关键词，而是明确具体的长尾关键词。验证关键词意图的工具就是搜索引擎本身。如果你不知道一个关键词是否适用，把它放入你目标市场国的谷歌搜索，看看第一页的搜索结果中有多少是你的同行，这个比例越高，这个词的意图与你越匹配。最小搜索量。· 先确定一下工具规则，这是我们工作的限制条件。我们后面讲到用于关键词获取的主要工具是"谷歌的关键词规划师"，这个工具提供的关键词的最小月均搜索量是10次。我们就把这个最小搜索量作为一个界限，看看它之上和之下的关键词表现。· 绝大多数面向细分市场的企业网站或网店，它的流量一半来自意图明确又有一定搜索量的长尾关键词，也就是最小搜索量之上的；而另一半会来自更长尾更个性化的关键词，它们是最小搜索量以下的。· 我们的选择方法是考虑资源的充分利用，关键词是无限的，而我们的营销资源是有限的，我们要提高单位资源的产出，所以开始时只使用最小搜索量之上的关键词。随着营销工作展开，这些最小搜索量之上的关键词会给我们带来更长尾的关键词，我们再随时把它们加入就可以了。关于关键词研究的心法和思路我们这堂先讲到这里，下堂课我们继续讲解关键词的使用和优化。